馬政
閩省馬匹之設，原備營中騎射差摻捍衛之用，或自京師給發，或向口外採買，分撥各營，多寡不等。有例斃則按照年限，分別賠樁。其免賠者，動支朋扣銀兩買補，歲底由督撫核其所存數目，彙冊報部。計自康熙三十一年而後，各營均有裁汰，又彼此調撥，故與原額不無互異之處。
臺灣鎮標中營、左營、右營各現照原額設官馬四十匹，年額買補馬十匹。臺灣城守營左軍、右軍各現照原額設官馬二十匹，年額買補馬五匹。北路協中營現照原額設官馬五十匹，年額買補馬十三匹；左營現照原額設官馬二十五匹，年額買補馬七匹；右營現照原額設官馬十五匹，年額買補馬三匹。南路營現照原額設官馬三十匹，年額買補馬八匹。下淡水營現照原額設官馬十匹，年額買補馬二匹。艋舺營現照原額設官馬十匹，年額買補馬一匹。
船政
明太祖洪武五年，詔浙江、福建瀕海九衛（按閩書：元年置泉州、建寧、汀州、漳州、邵武、興化六衛，四年置福州、建寧都指揮使司並延平衛；此雲濱海衛，當是泉、漳、興三衛）造海船六百六十艘，又詔造多櫓快船，以備倭寇。二十三年，詔濱海衛所，每百戶置船三艘。永樂元年，命福建都司造海舟百三十七艘。景泰三年，允福建守臣請，以備倭軍船分立五寨（福寧之烽火門、福州之小埕澳、興化之南日山、泉州之浯澳、漳州之西門澳、亦曰銅山）。萬曆十九年，增設福建海船（時倭警頗急，福撫趙參魯於五寨兵共添福鳥船四十隻，海壇、浯銅各增福鳥海船）。
福船名制
大福船：福船高大，可容百人。其底尖，其上闊，其首昂而口張，其尾高聳，設柁樓三重於上，其旁皆設板裼，以茅竹豎立如垣。其帆桅二道，中為四層：最下一層不可居，惟實土石以防輕飄之患；第二層乃兵士寢息之所；第三層左右各設大門，中置水匱，乃揚帆炊爨之處也，其前後各設木椗，繫以椗欖，下椗起椗，皆於此層用力；最上一層如露臺，兩旁板翼如欄，人倚之以攻敵，矢石火砲皆俯瞰而發，敵舟小者相遇，則犁沉之，敵難仰攻。欽定續文獻通考引王鶴鳴水戰議云：福船有六：一號、二號俱名福船，三號哨船又名草船，四號冬船又名海蒼船，五號馬船亦名開浪船，六號快船。籌海圖編有草撇船式，云即福船之小者；是又以草船為草撇也。
海滄船：明史「海滄」作「海蒼」。福船吃水一丈一、二寸，惟利大洋，多膠於淺，故又有海蒼之設，稍小於福船。
開浪船：船頭尖，吃水三、四尺，四漿一櫓，可容三、五十人，能去浪，故名。
海船通用
蒼山船：船吃水六、七尺，首皆闊，帆櫓兼用。櫓設船旁近後，每旁五枝。其制上、下三層，下實土石，上為戰場，中層寢處，溫州人謂之「蒼山鐵」。
艟■〈舟喬〉船：比蒼山船稍大，比海滄船更小而無立壁，最為得其中制。
魚船：於諸船中制至小，以之出海，每載三人，一人執布帆，一人執槳，一人執烏嘴銃，易進易退，隨波上下，敵舟了望所不及，用之頗得其力。
兩頭船：大學衍義補有兩頭船之說，蓋為海運巨船遇風，懼難旋轉，兩頭制舵，遇東風則西馳，遇南風則北馳，海道諸船無逾其利。
蜈蚣船：海行甚速，而遲者鬥風故也。如大食國在漳州東南，每歲通番者，必候冬初西北風盛而去，夏初東南風盛而來。惟佛郎機蜈蚣船底尖面闊，可載銃大者至千觔，列楫數十，其行如飛，無論有風、無風，風之順逆，皆可用。
叭喇唬船：底尖面闊，首尾一樣。底用龍骨，直透前後。每邊十漿或八漿，其疾如飛。有風豎桅用布帆，號曰軟帆。
白艚：廣船總名曰烏艚，又有橫江舡數號；其稱白艚者，福建式也。
八漿船：閩、廣、浙、直皆有之，可供哨探之用，不能擊賊。
王圻續文獻通考海船論：舊規，每歲修葺，給銀三、四十兩，捕盜領之。邇因海患稍寧，有司僅肯半給，而捕盜又侵克之，惟塗飾以油灰而已。器皿損缺，莫之補葺。火器之類，給發年久，漸不可用，且其數有限，不足以支早暮及迎官雜於之用。稽查官至，則挪貸支吾，或無火藥於內。兵數常缺三分之一，挽僱治處居民，書其年貌，俾之影射。故其舟出洋即沈，況望有敵愾之績乎！此其咎不獨在於捕盜，上司所宜嚴究其弊而亟反之，毋徒吝費焉可也。雖然，抑有說焉。嘗聞憲副張公云，福船必多人而後可以駕；蓋其在洋，嘗防風潮危急也，人數若寡，則揚帆、弛帆，起椗、下椗，或遇舵壞，呼吸之間欲易他舵，雖盡在舟之人，且不足用，其誰與敵為角乎。向來官府但知省費，而欲沙汰，不知置其舟於無用，是不如不設之為愈也。此其可概一也。每一造福船，其費甚大；暴露於風雨，震擊於怒濤，其壞甚易。向來海氛暫熄，官府以其虛設而不葺，然又不敢不為先事之防，一舟壞則復造一舟，為費反多，其壞也復坐視焉，是不如不造之為愈也。此其可慨二也。欲用福船，須僱福人駕使，其人多與倭通，遇賊輒縱而不擊，大洋運舵，毫釐千里，以風不便為詞，乃其故態也。議者謂當參以我兵，學習使船之法，十餘年來未見有能學者，官府不究而猶僱福人，甘受其誤，是不如不僱之為愈也。此其可慨三也。
籌海圖編福建事宜論：倭寇擁眾而來，動以千萬計，非能自至也，由福建內地奸人接濟之也。濟以米水，然後敢久延；濟以貨物，然後敢貿易；濟以嚮導，然後敢深入。所以稽察之者，其在沿海寨司之官乎。稽察之說有二。其一曰稽其船式。蓋明禁不許寸板下海，法固嚴矣，然濱海之民，以海為生，採捕魚蝦有不得禁者，則易以混焉。要之，雙桅尖底，始可通番，各官司於採捕之船，定以平底單桅，別以計號，違者燬之，照例定擬，則船有定式而接濟無所施矣。其二曰稽其裝載。蓋有船雖小、亦分載出海、合之以通番者，各官司嚴加盤詰，如果是採捕之船，則計其合帶米水之外，有無違禁器物乎？其回也魚蝦之外，有無販載番貨乎？有之，即照例問擬，則載有定限而接濟無所容矣。此須海道官嚴行設法，如某寨責成某官，某地責成某哨，其處定以某號，某澳束以某甲，如此而謂通番之不可禁，吾未之信也。一、倭人至福建，乃福人買舟至海外貼造重底，往而載之。舟師皆犯重罪之人也，若至沙板、雙嶼等處訪之，則某家船將聖、未至，及至其澳，自有人說而知之。一處貨到，各處無不知者。一、漳州乃濱海之地，廣福人以四方客貨豫藏於民家，倭至售之，倭人但有銀置貨，不似西洋人載貨而來換貨而去也，故中國欲知倭寇消息，但使人往南澳飾為商人，與之交易，即廉得其來與不來，與來數之多寡，而一年之內事情無不知矣。一、區處福建之法，若用福船補之，萬萬不可，須用福船而不用福人駕使。若用蒼山人駕使，候倭於福建外海而截殺之，倭船必非齊來，乃一艘、二艘以漸而至也，至即擒之，則後至者將聞風而回矣。
都御史唐順之云：先發制人一著，惟有望斗上做工夫。然必須以利使人，惜不得銀子。各水軍編定福船十隻，每一隻望斗人一夜給與銀一兩，使一夜常有人坐在斗上者看賊動靜。雖月黑之夜，若抬船、撐船未必無一把、兩把火光，我船便可做手腳，不患於大船趕賊不上也。月明之夜，則斗上纖悉必見，正與彼四層望樓是對手。至如小船、叭喇唬、八漿船，宜多置銃手，即不戰亦宜量與給賞多布之。八漿、叭喇唬中火器既多，賊來便使打，又有望斗內人先報賊動靜，不患於小船制賊不下也。
閩縣知縣仇俊卿云：地有南北，時有冬夏，自春徂夏，則時多南風而利於北行，自秋徂冬，則時多北風而利於南行，此番舶往來出沒之候也。彼瞰其時，輒乘風連雲以出洋，我當其衝，欲逆濤破浪以邀擊，未必其勢之便也，盍亦隨時以應之。時乎北風，必先於北道之防以遏其衝，而以南舟曳於後而追之，其居中間各寨澳之舟，又從旁遞出而擊之。時乎南風也，亦如前法，或遏於前，或躡於後，或擊於旁，此亦迭肄之法、長蛇之勢，寇未有不困疲而就縛者，海上可立京觀矣。
又云：國初置沿海衛所，每所船五隻，每船軍百名。自一所推之，則合衛之海船、海軍可知其數也；自一衛推之，則合省之海船、海軍可總其實也。使法之常存，何慮海寇之擾？向來修復一、二，止可用於哨報，難以禦敵禦寇。及其事急，調用不給，借發福清鹽船，並報各澳民船。奈彼不思國家之急，皆存繫吝之私。原非官物，率不如令，雖給價直，終不直前。況福清鹽船雖大，不可以當海寇之夾板船、叭喇船。漳州之草撇、樂清之大鐵等船，又不可以當海寇之烏尾、尖槽。至於東仔、銅茭等船，又不及也。昔人海戰之船，大小制度不同。如樓櫓、艨衝，此船之大者也；如直進、露撓，此船之中者也；又如舴艋、海鰍，此船之小者也。以船之大者為中軍座船而當其衝，以船之中者為左右翼而分其陣，以船之小者繞出於前後兩旁之間，伏見於遠近散聚之際，使撓其計。隨船器械，各須犀利完足，固不待贅。但海寇所恃，全在於銃，吾亦以銃為應。中軍大船之前，仍用次等船載佛郎機大銃數架以鎮之。兩翼中船之前，亦用再次船以載銅將軍大銃數十架以列之。其小船亦各載鳥銃鉛銅數百以備於四面。各船編定字號，每數船列為一行，每一陣列為數行，晝則揮旗為號，夜則振鼓為節，迭出更進，則彼此眾寡勞佚之勢不同，未有不殲此渠醜者也。船之外旁，又須護以牛革、漁網、氈絮之類。其大者更用列木為柵，可避砲石。又有車船之制，令戰士前後踏輪，舟自進退，所謂中流上下、回轉如飛、虜眾相顧駭愕者，用此法也。又須豫募能射與善浮之人，一遇番船，或以火箭焚之，或以水鑽溺之。至於奇正之變，大船、中船為正，則以小船為奇；前隊為正，則以後隊為奇；合之為正，則以闢之為奇；形難預料，變不可窮，是在臨機神應之妙，不可測者也。
俞大猷云：或問兵船官造與私募孰便？曰：造易而修難。議修之後，閣岸日多，浮水日少，以之守港則可，以之出洋追捕則全不足恃矣。此惟熟於海務者自知之。或曰：民間安有許多私船可募乎？曰：厚之以稅銀，使逐利之民爭造新船以應募，何患其不多。責府縣以及時給稅，責船戶以及時修整，則經年累月，皆有堅船可用。然則用官造之船以守港，用私募之船以追捕，然後改守各適共用也。
兵船哨手仇俊卿云：沿海居人，多便於舟楫，雖未習水戰，亦易於為教。今於出海之數，或欲以沿海者居其十七，其內地衛所者居十三，餘撥防邊以助守望，使漸教習，人人皆可為勝兵，所謂水虎捷、凌波軍者，不患無其人也。如此亦可以節省僱募水哨之費。
又云：水哨之募，因軍士之不習於水而始議之也。竊念國家養兵之費，歲有常輸，冀藉其力以為用，海軍不能效力，而又官募兵夫，積弊之來，不暇追論也。訪得其初募水哨之時，即將本寨軍之老羸不堪者發回該衛所扣除月糧並行糧銀兩，轉給水哨，是兵得實用而官無重費。今皆不然，既有廩庫之糧，又加募夫之費。況水哨之夫，又有老稚羸弱者雜於其中，費於無用之地，重為可惜。中間情弊，猶有可言。蓋以通番下海、接濟窩藏，皆沿海之人，其人皆水哨之親故也。自小埕以南，浯嶼、銅山等處，此輩皆是也。我謀未成，彼已先洩。間遇將令嚴明，不得已從而出兵。至於兩船相及之際，或以口哨為號，或以物色為號，揚帆轉舵，故意放開，不與交兵；或放彼先行，而我船曲折其行，遙躡於彼；或邀截於港內，寇計已窮，忽突開一門，縱之軼去；或追趕將及，寇乃丟棄一船以為之餌，即不直前撲滅，各去搶貨。如此之類，情弊百端，難以殫述。彼以受僱於官，役之暫時耳，非藉於官，終身之役者比也，一去則若不統屬，是以無所顧藉。捕盜之弊，亦猶是耳。甚至有捕盜而為盜者，益可慨也！或謂周世宗用降人為水師，卒賴其力，今獨不可乎？不知周用降人，但假之教習於平時，不用之操駕於臨陣。況今之水哨亦皆鄉民，而非取之於異域者也。即令水哨教習沿海軍夫，如兵志以一人教十人、十人教百人之法，則期月之間，莫非水哨也。兵將一心，何虞他患？